Facultăți. Structura inițială a Universității de Stat din Moldova a fost determinată prin Hotărârea CC al PC(b) al Moldovei și a Sovietului Comisarilor Norodnici din 4 martie 1946 Cu privire la fondarea Universității de Stat din Moldova. Conform acestui document, se prevedea organizarea a 5 facultăți (Fizică și Matematică; Geologie și Pedologie; Biologie; Chimie; Istorie și Filologie), 17 catedre (Marxism-Leninism; Catedra Militară; Limbi Străine; Limba Rusă; Limba Moldovenească; Istorie; Literatură; Analiză Matematică; Geometrie; Fizică Generală; Chimie Anorganică; Chimie Generală; Zoologie; Botanică; Geologie etc.), având ca misiune pregătirea specialiștilor în 13 domenii: fizică, matematică, botanică, zoologie, geologie, pedologie, chimie organică, chimie anorganică, chimie analitică, chimie fizică, istorie, limba și literatura moldovenească, limbi europene occidentale. În anul de studii 1948-1949 a fost introdusă și specialitatea „Limba și literatura rusă”.
În anul 1990 în cadrul USM activau 12 facultăți (Matematică și Cibernetică; Fizică; Chimie; Biologie și Pedologie; Istorie; Drept; Filologie; Jurnalism; Biblioteconomie; Limbi Străine; Economie; Economia Comerțului), la care se adăugau Facultatea de Profesii Sociale, Secția de pregătire și Decanatul universitar al studenților străini. Apoi, după lichidarea catedrelor interuniversitare cu profil ideologie (Istoria PCUS; Comunismul Științific; Ateismul Științific; Etică și Estetică Marxist-Leninistă etc.), în cadrul Universității activau 7 catedre interuniversitare (Filosofie; Economie Politică; Istoria și Teoria Culturii Universale; Pedagogie și Psihologie; Cultură Fizică; Apărare Civilă; Catedra Militară) și, în calitate de structură aparte, Muzeul Universității.
În anul 1960 Universitatea de Stat din Moldova a fuzionat cu Institutul Pedagogic de Stat „Ion Creangă” din Chișinău care a fost desființat. Iar în 1967, în legătură cu creșterea necesității de cadre de pedagogi cu studii superioare, Sovietul Miniștrilor al RSSM a adoptat Hotărârea despre restabilirea Institutului Pedagogic.
Universitatea de Stat din Moldova a fost și rămâne nu doar un prestigios centru didactico-științific, dar și o sursă pentru întemeierea altor instituții de învățământ superior din țară. Astfel:
- în anul 1964 din cadrul Universității de Stat din Moldova au fost separate specialitățile economice și tehnice, în baza cărora a fost format Institutul Politehnic din Chișinău, ulterior – Universitatea Tehnică a Moldovei;
- în cadrul USM au activat și facultățile de Economie și de Economie a Comerțului și Merceologie. În anul 1991 ele s-au desprins de USM și în baza lor a fost formată o instituție aparte – Academia de Studii Economie din Moldova;
- în 1991 în organigrama USM a fost înscrisă și Facultatea de Teologie, care apoi s-a desprins de Universitate, devenind Academia de Teologie Ortodoxă din Moldova.
Actualmente, în cadrul Universității de Stat din Moldova activează 11 facultăți:
Facultatea de Biologie și Pedologie cu două departamente – Științe ale Solului, Geografie, Geologie, Silvicultură și Design și Biologie și Ecologie;
Facultatea de Chimie și Tehnologie Chimică cu două departamente – Chimie și Chimie Industrială și Ecologică;
Facultatea de Drept cu cinci departamente – Drept Privat; Drept Public; Drept Penal; Drept Procedural; Drept Internațional și European;
Facultatea de Fizică și Inginerie cu două departamente: Fizică Aplicată și Informatică și Fizică Teoretică „Prof. Iu. Perlin”.
Facultatea de Istorie și Filosofie cu două departamente – Istoria Românilor, Universală și Arheologie și Filosofie și Antrolopogie;
Facultatea de Jurnalism și Științe ale Comunicării cu trei departamente – Radio și Televiziune; Comunicare și Teoria Informării și Teoria și Practica Jurnalismului;
Facultatea de Litere cu 5 departamente – Lingvistică Română și Știință Literară, Lingvistică Germanică și Comunicare Interculturală; Lingvistică Romanică și Comunicare Interculturală; Traducere, Interpretare și Lingvistică Aplicată; Limba Engleză și Limba Francesă Specializate și 2 centre științifice didactice Literatura universală și comparată și „Russkii Mir”;
Facultatea de Matematică și Informatică cu două departamente – Matematică și Informatică;
Facultatea de Psihologie și Științe ale Educației, Sociologie și Asistență Socială cu 3 departamente – Științe ale Educației; Psihologie și Sociologie și Asistență Socială;
Facultatea de Științe Economice cu patru departamente – Contabilitate și Informatică Economică; Economie, Marketing și Turism; Administrarea Afacerilor; Finanțe și Bănci;
Facultatea de Relații Internaționale, Științe Politice și Administrative cu două departamente – Științe Politice și Administrative și Relații Internaționale;
De asemenea, la USM activează Facultatea de Arte Frumoase; Catedra Cultură Fizică și Sport; Catedra Militară; Institutul de Cercetare și Inovare.