În toate actele oficiale din perioada anilor 1944 – martie 1946, instituția este numită Universitatea de Stat din Moldova cu sediul în orașul Chișinău, dar, din 12 aprilie 1946, rectorul interimar Ivan Leonov schimbă, în mod arbitrar, denumirea oficială a instituției din Universitatea de Stat din Moldova în Universitatea de Stat din Chișinău, aceasta din urmă fiind fixată și în actul din luna mai 1946 cu privire la transferarea Universității în subordinea Ministerului Învățământului Superior al URSS. Nici autoritățile locale – sovietice și de partid – nu au intervenit în vederea respectării exacte a denumirii Universității în conformitate cu actele legislative inițiale. Ulterior, Universității de Stat din Chișinău i s-a conferit numele lui Vladimir Ilici Lenin, ea fiind și decorată cu ordinul Drapelul Roșu al Muncii.
La finele anilor ʼ80 – începutul anilor ʼ90 ai secolului al XX-lea, încep demersurile de rigoare către autoritățile de partid și de stat în privința revenirii la denumirea inițială a Universității. Însă secretarul de atunci al CC al PC al Moldovei, Semion Grossu, nici nu a răspuns la adresarea rectorului Boris Melnic și a secretarului comitetului de partid al Universității Gheorghe Rusnac. Abia Petru Lucinschi care devine, în 1989, prim-secretar al Comitetului Central al Partidului Comunist al Moldovei (CC al PCM), acceptă propunerea venită din partea universitarilor și o numește, printr-un decret, Universitatea de Stat „V. I. Lenin” din Moldova. Un ordin al rectorului Universității din 19 ianuarie 1990 folosește denumirea instituției anume în această formulă – Universitatea de Stat „V. I. Lenin” din Moldova. La problema privind denumirea universității s-a revenit și în ședința Senatului din 27 noiembrie 1990, iar la 30 noiembrie 1990 a fost emis ordinul rectorului nr. 203, prin care se aprobă hotărârea Senatului cu privire la revenirea la denumirea inițială a instituției – Universitatea de Stat din Moldova.